インボイス制度への対応に伴い、今年５月に東京国税局からの照会を受けて、東京都が都営住宅の家賃収入などを出納管理する「都営住宅等事業会計」について確認したところ、2022年度以前の21年間分の消費税が未納になっていたことが分かった問題で、都は国税局の照会よりも前の24年時点で税理士法人から過去の納税義務についても確認が必要との指摘を受けていたことが明らかになった。10月２日、都議会定例会での一般質問に対する都側の答弁で判明したもの。
東京都はこのほど、「東京都都営住宅等事業会計（特別会計）における消費税の未申告について」とする告示で、「未納となっている消費税について申告・納付しましたのでお知らせします」としたうえで、「消費税法上、課税売上高が１千万円を上回る特別会計は、原則、消費税を申告し納税する義務が生じます。東京都都営住宅等事業会計については、インボイス制度への対応に伴い、23年度事業分から申告・納税を行っていますが、25年５月に東京国税局より22年度以前の事業分について照会を受け確認したところ、消費税の申告・納税義務があることが分かりました」と経緯を説明。都の対応については「未申告判明後、納税額等の算定を行った結果、対象となる19年度から22年度分までの約１億3642万円（消費税約１億1965万円、延滞税約1079万円、無申告加算税約598万円）を税務署に納付しました」と報告。国税局から照会を受けるよりも前の24年の時点で、都が業務委託している税理士法人から「過去の納税義務についても確認が必要」との指摘を受けていたことについては触れておらず、「対象となる19年度から22年度分まで」の４カ年度分だけを納税したと発表していた。実際には、02年度から22年度分までの21カ年度分が未納になっていた。
都議会定例会の一般質問で、公認会計士の資格を有する佐藤沙織里都議（千代田区選出、無所属）らが指摘した。都はこれまで、今年５月に東京国税局からの照会を受けたことで未納を把握したと説明しており、24年に税理士法人が指摘した後もこの問題を放置していた疑いが新たに浮上した。
佐藤都議は「24年に都はデロイトトーマツ税理士法人から指摘を受けていた」と指摘したうえで、都側に「なぜこの時点で都は期限後申告をしなかったのか」と質問。「国税局から照会を受けるまで放置していたことは都の重過失である」と指弾し、都側の認識を質した。
この質問に対し、山崎弘人住宅政策本部長は「都営住宅等事業会計の23年度分の消費税の申告・納付の業務委託のなかで、税理士法人から22年度以前の納税義務についても確認が必要であるとの指摘があったことを確認しています」と答弁。佐藤智秀総務局長も「税理士法人から指摘があったことについてはすでに把握しており、これをどのように受け止めたのか、なぜ申告がなされなかったのかなどの事実関係を監察におきまして明らかにしてまいります」と答弁し、都が遅くとも24年中には消費税の未納を認識していた事実を認めた。
都営住宅等事業会計が一般会計から特別会計に移行した02年度以降、都には消費税の納付義務が生じていた。都は19年度～22年度の４カ年度分については納付したが、18年度以前の17カ年度分については「時効のため納付義務が消失した」としている。
小池百合子都知事は10月３日の会見で「今回の対応の遅れについては、改めて極めて遺憾だと思う。経緯なども含めて監察で徹底した原因究明を行うよう指示していく」と述べた。